日本有一个迷信是说当看流星时，在它消失去之前，很快把心愿在心里念出来三次，你的心愿就会实现。 听起来自然吗？

建议把迷信改成说法，迷信是一个贬义词，而愿望实现是件好事，应当使用中性词 说法 来说这件事

中国好像只有“对着流星许愿”的说法，至于要不要默念三次我也不清楚🤣

　まずは「去」、日本語と違って、中国語では「てくる」「ていく」をわざと使わないのが普通です。例えば、「流星が消えていく」の「いく」は、その用法は中国語ではない表現です。つまり「流星消失去了」ではなく「流星消失了」のが自然です。
　そして「很快」、簡単に言うとそれは形容詞に当たります。「很」は「とても」、「快」は「はやい」、つまり「很快」は「とてもはやい」であり、「はやくx xをする」を表すことができません。そこで、状態を表す形容詞の後に「的」を、動作を表す形容詞の後に「地」をつけるとこで解決します。「的」も「地」もピンインは「de 」になります。

楽しい笑顔
开心的笑容
楽しく笑う
开心地笑

なので、「很快地把心愿在心里念出来三次」の方が自然です。ちなみに、修正した「赶快」は「早く」を意味しているので、ここに置いても自然です。